Outre les guérillas, des paramilitaires (ou groupes de justice privées, ou encore escadrons de la mort) sont présents en Colombie, ce sont les Autodéfenses unies de Colombie (AUC), des milices qui luttent contre les guérillas, les militants de gauche, parfois en lien avec le gouvernement colombien1. Ainsi des meurtres sont commis contre des opposants politiques et des villages entiers sont déplacés suite à des attaques paramilitaires. Les groupes paramilitaires sont soutenus par les gros propriétaires ruraux, pour éliminer systématiquement toute opposition politique.
Bien que les groupes paramilitaires soient en principe illégaux en Colombie, le gouvernement intervient rarement après les attaques paramilitaires contre des civils ; l?armée et la police ont opéré parfois avec certains de ces groupes. Les groupes paramilitaires et l'armée se sont fréquemment croisés sans qu'il n'y ait eu d'action entreprise par l?armée. De plus, 75% des militaires sont favorables aux groupes paramilitaires.
Le président Álvaro Uribe Vélez a remporté en Colombie l'élection présidentielle du 27 mai 2002 avec 53 % des suffrages, et 54 % d'abstention. Il a entamé des négociations avec les AUC qui auraient débouché sur la démobilisation, en 2004, de 2500 à 30 0002 combattants, en échange d'une quasi-amnistie pour tous leurs crimes. Le processus engagé suscite donc un certain nombre de préoccupations sérieuses concernant les questions de l?impunité, des violations du cessez-le-feu par les AUC et des atteintes aux droits humains graves et nombreuses dont continuaient de se rendre responsables les paramilitaires. Depuis 1999 au plus tard, les AUC ont effectué de fréquentes incursions dans le territoire vénézuélien afin de traquer et d'exécuter les combattants d'extrême gauche ou leurs sympatisants. Ils sont en outre accusés par les autorités vénézuéliennes de vouloir déstabiliser le gouvernement d'Hugo Chávez, créant des différends diplomatiques avec le pays. Enfin, les chiffres annoncés par le gouvernement concernant le nombre de paramilitaires ayant déposé les armes suscitent des doutes, et des interrogations quand à leur réinsertion.
Les forces paramilitaires d'extrême-droite, tout comme la guérilla marxiste se financent en grande partie grâce aux revenus du trafic de drogue contre lequel luttent activement les États-Unis. Cependant, de l'aveu même du leader des AUC Carlos Castano, les paramilitaires tirent environ 70% de leurs revenus du trafic de drogue, et contrôlent les filières depuis la production jusqu'à l'exportation. Cela met en lumière un double-jeu du gouvernement colombien, qui reçoit une aide financière importante consacrée à la lutte contre les narcotrafiquants mais garde une position ambiguë envers les AUC. En effet, le Plan Colombie, lancé en 1999 par les présidents Andres Pastrana et Bill Clinton, prévoit une aide militaire américaine afin de lutter contre le narcotrafic. Force est de constater, comme le fait Amnesty International dans son rapport intitulé Killings, arbitrary detentions and death threats ? the reality of trade unionism in Colombia, que l'action soit orientée essentiellement contre les guérillas et la culture de coca, et non contre les paramilitaires.
Par ailleurs, Human Right Watch et Amnesty International remarquent que les activités des paramilitaires (auxquels ont doit une grande partie des massacres et autres atteintes aux droits de l'homme) sont concentrées dans les régions riches en ressources naturelles. La justice commence à s'intéresser aux liens entre les multinationales et les paramilitaires, qu'elles financent parfois dans le but de protéger leurs infrastructures des attaques des guérillas (FARC et ELN), mais aussi pour faire fuir la population des zones qu'elles convoitent. Ainsi, la compagnie minière nord américaine Drummond est poursuivie pour avoir financé l'assassinat de trois syndicalistes en 2001 par des hommes armés. La compagnie américaine Chiquita Brands est l'objet d'une plainte déposée dans le New Jersey par les familles de six syndicalistes assassinés. L'entreprise avait déjà payé une amende de 25 millions de dollars après avoir avoué le versement de 1,7 million de dollars aux AUC (Autodéfenses Unies de Colombie, qui regroupe les mouvements paramilitaires) qui opéraient dans les zones où Chiquita avait des plantations. Coca Cola a aussi été dénoncée par les syndicalistes de l'entreprise, qui l'accusent d'avoir financé des paramilitaires pour anéantir les syndicats quitte à recourir à l'assassinat.